Schon zu Beginn ihrer Theaterlaufbahn interessierte sich Katharina Köhntopp nicht nur für die Schauspielerei, sondern auch für die Regie. Sie arbeitete immer wieder auch als Regie- Assistentin, was dazu führte, dass sie sich, neben der Schauspielausbildung, auch an der Universität Hannover für Germanistik, Geschichte und Philosophie und später für Theaterwissenschaften in München immatrikulierte. Es folgten Assistenzen in Kiel, Hannover und Detmold.
Ab 2007 inszenierte Katharina Köhntopp im Kinder – und Jugendbereich .